El organigrama de la Junta de Usuario actualmente actualizado de acuerdo al nuevo rol como operador de la infraestructura hidráulica. En dicha estructura se observa que la máxima autoridad es la asamblea general quien aprueba las decisiones institucionales, los órganos de asesoramiento como el órgano de control interno y la asesoría legal, los órganos de apoyo como la Sub Gerencia de Administración y Finanzas, las unidades de tecnología informática y la unidad de promoción y capacitación y el órgano de línea la Sub gerencia de operación, mantenimiento y desarrollo de infraestructura hidráulica que dependen directamente de la Gerencia.
En el gráfico Nª 1 se indica el organigrama actual.